Κύρια αποστολή του Υπουργείου Δικαιοσύνης είναι η εξασφάλιση της αποτελεσματικής οργάνωσης και λειτουργίας των δικαστηρίων και η χάραξη πολιτικών που αποσκοπούν στην προστασία των ανθρωπίνων δικαιωμάτων και των ατομικών ελευθεριών. 

Για την επίτευξη των παραπάνω το Υπουργείο:  

α) παρέχει τα αναγκαία μέσα για την ικανοποίηση των οργανωτικών και λειτουργικών αναγκών των δικαστηρίων τηρούμενης της επιταγής του άρθρου 87 του Συντάγματος για τη διασφάλιση της προσωπικής και λειτουργικής ανεξαρτησίας των δικαστών, 

β) επιμελείται την εναρμόνιση των κανόνων της εσωτερικής έννομης τάξης προς τους κανόνες του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου, 

γ) διασφαλίζει την εμπέδωση και την προαγωγή της προστασίας των ανθρωπίνων 

δικαιωμάτων και των θεμελιωδών ελευθεριών, 

δ) υλοποιεί προγράμματα έργων για την ανάπτυξη, προώθηση και επέκταση της ηλεκτρονικής δικαιοσύνης ως στρατηγικού στόχου, στο πλαίσιο των οποίων συστήνονται με απόφαση του Υπουργού ομάδες διοίκησης έργου με σκοπό τον συντονισμό και έλεγχο, τη διοίκηση, παρακολούθηση, διαχείριση και διασφάλιση της λειτουργίας και επέκτασης των προγραμμάτων αυτών.